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Cours de virologie générale

Taxonomie des virus infectant les vertébrés
(Les virus infectant l’homme sont en caractères gras)

Les virus sont classés selon la nature de leur génome ; d’abord les virus ARN simple brin (ou monocaténaire) de polarité positive puis négative ; ensuite les virus ARN double brin (ou bicaténaire) ; les virus ADN simple brin puis double brin ; les virus utilisant la transcriptase inverse pour leur réplication (ARN : Retroviridae puis ADN : Hepadnaviridae).

La lecture doit se faire ainsi :
Famille de virus (----viridae), sous-famille (----virinae), genre (----virus).
Les espèces virales sont dénommées selon les normes internationales (en anglais et en italique, par exemple : Human enterovirus A ou Poliovirus), l’abréviation officielle est écrite entre crochets, par exemple [HEV-A] ou [PV]. Le nom commun français est entre parenthèses et en caractères droits, par exemple : (virus respiratoire syncytial humain RSV ou VRS). Ainsi pour ce virus : famille Paramyxoviridae, sous-famille : Pneumovirinae, genre : Pneumovirus, espèce: Human respiratory syncytial virus [HRSV], dénomination et abréviation communes : (virus respiratoire syncytial humain, RSV ou VRS).

Virus à ARN simple brin de polarité positive
Famille : Picornaviridae (figure 2)
. Genre : Enterovirus
Espèces : Human enterovirus A [HEV-A], (entérovirus humains A) (12 sérotypes)
Human enterovirus B [HEV-B], (entérovirus humains B) (36 sérotypes)
Human enterovirus C [HEV-C], (entérovirus humains C) (12 sérotypes dont les trois sérotypes Poliovirus [PV]
Human enterovirus D [HEV-D], (entérovirus humains D) (2 sérotypes)
Espèces : enterovirus bovins, simiens et porcins A et B (25 sérotypes)
. Genre : Rhinovirus
Espèces : Human rhinovirus A [HRV-A], (rhinovirus humains A) (58 sérotypes)
Human rhinovirus B [HRV-A], (rhinovirus humains B) (17 sérotypes)
rhinovirus humains non classés (25 sérotypes)
Espèces : rhinovirus bovins non classés (3 sérotypes)
[ Les propositions récentes du comité de taxonomie sont de regrouper les Enterovirus et les Rhinovirus dans un seul genre « Enterhinovirus », d’inclure les poliovirus dans l’espèce Human Enterovirus C (figure 2b). ]
. Genre : Hepatovirus
Espèces : Hepatitis virus A [HAV], (virus de l'hépatite A) (1 sérotype),
Avian encephalomyelitis virus [AEV].
. Genre : Parechovirus
Espèces : Human parechovirus [HPeV], (parechovirus humain) (2 sérotype) (anciennement entérovirus 22 et 23)
. Genre : Cardiovirus
Espèces : Theilovirus (3 sérotypes)
Vilyuis Human encephalomyelitis [VHEV], (virus de l'encéphalomyélite humaine de Vilyuisk)
virus de l'encéphalomyélite murine de Theiler
virus de l'encéphalomyélite du rat
Espèces : virus de l'encéphalomyocardite (EMC) (1 sérotype)
. Genre : Kobuvirus
Espèces : Aichi virus [AiV], (virus Aichi) (1 sérotype)
Bovine kobuvirus
. Genre : Teschovirus
Espèces : teschovirus porcins (10 sérotypes)
. Genre : Erbovirus
Espèces : Equine rhinitis virus [ERBV], virus de la rhinite équine B (1 sérotype)
. Genre : Aphthovirus
Espèces : Foot-and-mouth disease virus [FMDV], virus aphteux (7 sérotypes)
Equine rhinitis virus [ERAV], virus de la rhinite équine A (1 sérotype)
. Picornavirus non classés :

Famille : Caliciviridae
. Genre : Norovirus (anciennement "Norwalk-like virus " )
Génogroupe I : Norwalk virus [NV], (virus de Norwalk);
virus Southampton, Desert Shield
Génogroupe II : virus Snow Mountain, Bristol, Mexico, Hawaii
. Genre : Sapovirus (anciennement " Sapporo-like virus ")
Génogroupe I : virus Sapporo, Parkville
Génogroupe II : virus London
. Genre : Lagovirus
Espèces : calicivirus canins, félins, San Miguel sealion virus (SMSV)
. Genre : Vesivirus
Espèces : Rabbit hemorrhagic disease virus

"Hepatite E-like virus"
. Genre : "Hepatite E-like virus"
  Hepatitis E virus [HEV], virus de l'hépatite E

Famille : Togaviridae
. Genre : Alphavirus
Groupe : Western equine encephalitis virus [WEEV], (virus de l'encéphalite équine de l'Ouest)
Sindbis virus [SINV] sous type Ockelbo, (virus Sindbis)
Groupe : Eastern equine encephalitis virus [EEEV], (virus de l’encéphalite équine de l’Est)
Groupe : Venezuelan equine encephalitis virus [VEEV], (virus l’encéphalite équine du Vénézuela)
Groupe : Semliki Forest virus [SFV], (virus de la forêt Semliki)
Ross River virus [RRV], (virus Ross River)
Mayaro virus [MAYV], (virus Mayaro)
Chikungunya virus [CHIKV], (virus Chikungunya)
O’nyong-nyong virus [ONNV], (virus de l’O’nyong-nyong)
. Genre : Rubivirus
Espèces : Rubella virus [RUBV], virus de la rubéole

Famille : Astroviridae
. Genre : Astrovirus
Espèces : Human astrovirus [HAstV], (8 sérotypes)

Famille : Flaviviridae
. Genre : Flavivirus
Virus transmis par les moustiques
* Groupe du virus de la fièvre jaune
Yelow fever virus [YFV], (virus de la fièvre jaune)
* Groupe du virus de la Dengue
Dengue virus [DENV], (4 sérotypes) (virus de la Dengue)
* Groupe du virus de l'encéphalite japonaise
Japanese encephalitis virus [JEV], (virus de l'Encéphalite Japonaise)
St. Louis encephalitis virus [SLEV], (virus de l'Encéphalite Saint-Louis)
Murray Valley encephalitis virus [MVEV], (virus de l'Encéphalite de la Vallée de la Murray)
West Nile virus [WNV], (virus West-Nile ou de la fièvre du Nil occidental)
Kunjin virus [KUNV], (virus Kunjin)
Rocio virus [ROCV],( virus Rocio)
Virus transmis par les tiques
* Groupe : Tick-borne encephalitis virus [TBEV], (virus de l'encéphalite à tiques)
sous-types :
              virus de l'encéphalite d'Europe Centrale (TBEV-W)
              virus de l'encéphalite verno-estivale de Russie (TBE-FE)
Omsk hemorragic fever virus [OHFV], virus de la fièvre hémorragique d'Omsk
Kyasanur Forest disease virus [KFDV], virus de la maladie de la forêt de Kayasanur
. Genre : Hepacivirus
Espèces : Hepatitis C virus [HCV], (virus de l'hépatite C)
GB virus A [GBV-A]
. Genre : Pestivirus
Espèces : bovine diarrhea virus [BDV]

Ordre : Nidovirales (comprend les familles : Coronavirida, Arteriviridae)

Famille : Coronaviridae
. Genre : Coronavirus
Espèces : Human coronavirus [HcoV], (coronavirus humain)
. Genre : Torovirus
Espèces : Human torovirus [HuTV], (torovirus humain)
Espèce type chez l'animal: Berne virus (équins) et Breda virus (bovins)

Virus à ARN simple brin de polarité négative

Ordre : Mononegavirales (comprend les familles : Bornaviridae, Filoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae) (figure 3)
Famille : Bornaviridae
Espèces : Borna disease virus [BDV], (virus de la maladie de Borna ou bornavirus)

Famille : Filoviridae
. Genre : « Marburg-like virus »
Espèces : Marburg virus [MARV], (virus de Marburg)
. Genre : « Ebola-like virus »
Espèces : Zaire Ebola virus [ZEBOV], (virus Ebola);
Cote d’Ivoire Ebola virus [CIEBOV],
Reston Ebola virus [REBOV],
Sudan Ebola virus [SEBOV],

Famille : Paramyxoviridae
- Sous-famille : Paramyxovirinae
. Genre : Respirovirus
Espèces : Human parainfluenza virus 1 et 3 [HPIV-1, HPIV-3], (virus parainfluenza humains 1 et 3)
. Genre : Morbillivirus
Espèces : Measle virus [MeV], (virus de la rougeole)
. Genre : Rubulavirus
Espèces : Mumps virus [MuV], (virus des oreillons),
Human parainfluenza virus 2, 4a et 4b [HPIV-2, HPIV-4], (virus parainfluenza humains 2, 4a et 4b)
. Genre : Henipavirus (en attente de classification définitive)
Espèces : Hendra virus [HeV] et Nipah virus [NiV], virus Hendra et virus Nipah
- Sous-famille : Pneumovirinae
. Genre : Pneumovirus
Espèces : Human respiratory syncytial virus [HRSV], (virus respiratoire syncytial humain ou VRS)
. Genre : Metapneumovirus
Espèces : Human metapneumovirus [HMPV]

Famille : Rhabdoviridae
. Genre : Lyssavirus
Espèces :
Rabies virus [RABV], (virus de la rage) (sérotype 1 génotype 1)
Lagos bat virus [LBV], (sérotype 2- génotype 2)
Mokola virus [MOKV] , (sérotype 3- génotype 3)
Duvenhage virus [DUVV], (sérotype 4- génotype 4)
 Virus apparentés à la rage
European bat lyssavirus virus 1 [EBLV-1], (biotype 1- génotype 5)
European bat lyssavirus virus 2 [EBLV-2], (biotype 2- génotype 6)
Australian bat lyssavirus [ABLV], (………...- génotype 7)
. Genre : Vesiculovirus
Espèces : virus de la stomatite vésiculeuse
. Genre : Ephemerovirus
Espèces type : Bovine ephemeral fever

Famille : Orthomyxoviridae
. Genre : : Influenzavirus A
Espèces : Influenza A virus [FLUAV], sous-types circulant : H1N1 et H3N2 (récemment 2 épidémies de grippe étaient dues aux sous-types H5N1 et H9N2 transmis du poulet à l’homme)
. Genre : Influenzavirus B
Espèces : Influenza B virus [FLUBV],
. Genre : Influenzavirus C
Espèces : Influenza C virus [FLUCV]

Famille : Arenaviridae
. Genre : Arenavirus
* Groupe des virus européens et africains :
Espèces : Lymphocytic choriomeningitis virus [LCMV], (virus de la chorioméningite lymphocytaire)
Lassa virus [LASV] ;
* Groupe des virus américains :
Junin virus [JUNV],
Machupo virus [MACV],
Sabia birus [SABV],
Guanarito virus [GTOV],
Whitewater Arroyo virus [WWAV]
. Genre : Arterivirus
Espèces type : virus de l’artérite équine

Famille : Bunyaviridae
. Genre : Orthobunyavirus
Espèces : California encephalitis virus [CEV], (virus de l’encéphalite Californienne)
    souches : La Crosse virus [LACV] et Tahyna virus [TAHV]
. Genre : Hantavirus
Espèces : Hantaan virus [HTNV], (virus Hantaan)
Sin Nombre virus [SNV], (virus Sin Nombre)
Puumala virus [PUUV], (virus Puumala)
Seoul virus [SEOV], (virus Séoul).
. Genre : Nairovirus
Espèces : Crimean-Congo virus [CCHFV], (virus de la fièvre hémorragique Crimée-Congo)
. Genre : Phlebovirus
Espèces : Rift Valley fever virus [RVFV], (virus de la Vallée du Rift)

ssRNA Satellites
. Genre : Deltavirus
Espèces : Hepatitis delta virus [HDV], 3 génotypes, (virus de l’hépatite delta)

Virus à ARN double brin

Famille :
. Genre : Orthoreovirus
Espèces : Mammalian orthoreovirus [MRV], Reovirus
. Genre : Orbivirus
Groupes des virus : Changuinola virus [CGLV], 12 sérotypes,
Lebombo virus [LEBV], 1 sérotype,
Orungo [ORUV], 4 sérotypes
Great Island virus [GIV] : Kemerovo [KEMV], Lipovnick [LIPV], Tribec [TRBV]
. Genre : Coltivirus
  Colorado tick fever virus [CTFV], 2 sérotypes, (virus de la fièvre à tique du Colorado)
Eyach virus [EYAV], virus Eyach
. Genre : Seadornavirus
Espèces : (proposition de classification, actuellement les virus Banna et Kadipiro sont classés dans le sous-groupe B des Coltivirus)
Banna virus [BAV], virus Banna
Kadipiro virus [KDV], virus Kadipiro
. Genre : Rotavirus
Espèces : Human rotavirus A [RV-A], Human rotavirus B [RV-B] et Human rotavirus C [RV-C] (Rotavirus humains)
. Genre : Aquareovirus
Espèces type : golden shiner virus

Famille : Birnaviridae
. Genre : Aquabirnavirus
Espèces type : infectious pancreatic necrosis virus
. Genre : Avibirnavirus
Espèces : Bursal disease virus

Famille : Picobirnavirus

Famille : Picotrirnavirus

Virus à ADN simple brin

Famille : Circoviridae
. Genre : Circovirus
   Porcine circovirus [PCV]
Pigeon circovirus [PiCV]
Canary circovirus [CaCV]
Goose circovirus [GoCV]
. Genre : Gyrovirus
  Chicken anemia virus [CAV]
. Genre : Anellovirus :
   TTV (3 génotypes)
TTV-like mini-virus [TTMV]
. SEN virus (en attente de classification)
7 variants : SENV-A, B, D – H

Famille : Parvoviridae
- Sous-famille : Parvovirinae
. Genre : Erythrovirus
Espèces : B 19 virus [B19V], (virus B19)
. Genre : Dependovirus
Espèces : Adeno-associated virus (types 1 à 6) [AAV-1, AAV-2 …]
. Genre : Parvovirus
Espèces type : mice minute virus
- Sous-famille : Densovirinae
. Genre Densovirus
. Genre Iteravirus
. Genre Brevidensovirus

Virus à ADN double brin

Famille :
- Sous-famille : Chordopoxvirinae
. Genre : Orthopoxvirus
Espèces type : Vaccinia virus [VAVV], (virus de la vaccine),
Variola virus [VARV], (virus de la variole),
Cowpox virus [CPXV],
Monkeypox virus [MPXV],
Ectromelia virus [MPXV].
. Genre : Parapoxvirus
Espèces type : Orf virus[ORFV], ( virus de l'Orf)
. Genre : Molluscipoxvirus
Espèces type : Molluscum contagiosum virus [MOCV], (virus du molluscum contagiosum )
. Genre : Yatapoxvirus
Espèce pouvant infecter l’homme : Yaba monkey tumor virus [YMTV]
. Genre : Avipoxvirus
Espèce type : Fowlpox virus
. Genre : Capripoxvirus
Espèce type : Sheeppox virus
. Genre : Leporipoxvirus
Espèce type : Myxoma virus
. Genre : Suipoxvirus
Espèce type : Swinepox virus

Famille :
- Sous-famille : Alphaherpesvirinae
. Genre : Simplexvirus
Espèces : Human herpesvirus 1 et 2 [HHV-1, HHV-2], (virus herpes humain 1 et 2 ou HSV-1 et HSV-2)
. Genre : Varicellovirus
Espèces : Human herpesvirus 3 [HHV-3], (virus herpes humain 3 = virus varicelle-zona ou VZV)
- Sous-famille : Betaherpesvirinae
. Genre : Cytomegalovirus
Espèces : Human herpesvirus 5 [HHV-5], (virus herpes humain 5 = Cytomegalovirus ou CMV)
. Genre : Roseolovirus
Espèces : Human herpesvirus 6 et 7 [HHV-6, HHV-7], (virus herpes humain 6 et 7)
. Genre : Muromegalovirus
Espèce type : Mouse cytomegalovirus 1
- Sous-famille : Gammaherpesvirinae
. Genre : Lymphocryptovirus
Espèces : Human herpesvirus 4 et 8 [HHV-4, HHV-8], (virus herpes humain 4 = Epstein-barr virus ou EBV et virus Herpes humain 8)
. Genre : Rhadinovirus
Espèce type : Ateline herpesvirus 2

Famille : Adenoviridae
. Genre : Mastadenovirus
Espèces : Human adenovirus1 à 41 (adénovirus humains 1 à 51)
Human adenovirus A [HAdV-A]: Human adenovirus 12, 18, 31 [HAdV-12, 18, 31]
Human adenovirus B [HAdV-B]: Human adenovirus 3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35, 50 [HAdV-3, 7, 11, 14, 16…]
Human adenovirus C [HAdV-C]: Human adenovirus 1, 2, 5, 6 [HAdV-1, 2, 5, 6]
Human adenovirus D [HAdV-D]: Human adenovirus 8 à 10, 13, 15, 17, 19, 20, 22 à 30, 32 33, 36 à 39, 42 à 49, 51 [HAdV-12, 18, 31 ...]
Human adenovirus E [HAdV-E]: Human adenovirus 4 [HAdV-4]
Human adenovirus F [HAdV-F]: Human adenovirus 40, 41 [HAdV-40, 41]
. Genre : Aviadenovirus
Espèce(s) type(s) : fowl adenovirus 1

Famille : Polyomaviridae
. Genre : Polyomavirus
Espèces : BK polyomavirus [BKPyV], (virus BK)
JC polyomavirus [JCPyV], (virus JC)

Famille : Papillomaviridae
. Genre : Papillomavirus
Espèces : Human papillomavirus [HPV], (>70 génotypes) (Papillomavirus humains)

Virus à ARN ou ADN ayant une transcriptase inverse

Famille : Retroviridae
. Genre :Alpharetrovirus
Espèces : Avian leukosis virus [ALV],
Rous sarcoma virus [RSV],
Avian myelocytomatosis virus [AMV]
. Genre : Betaretrovirus
Espèces : virus de la stomatite vésiculeuse
. Genre : Betaretrovirus
Espèces : Mouse mammary tumor virus [MMTV].
. Genre : Gammaretrovirus
Espèces : Murine leukemia virus [MLV],
Feline leukemia virus [FeLV],
Moloney murine sarcoma virus [MoMSV].
. Genre : Deltaretrovirus
Espèces :
Primate T-lymphotropic virus 1 [PTLV-1]
Simian T-lymphotropic virus 1 [STLV-1]
Human T-lymphotropic virus 1 [HTLV-1]
Primate T-lymphotropic virus 2 [PTLV-2]
Simian T-lymphotropic virus 2 [STLV-2]
Human T-lymphotropic virus 2 [HTLV-2]
Primate T-lymphotropic virus 3 [PTLV-3]
Simian T-lymphotropic virus 3 [STLV-3]
. Genre : Lentivirus
Espèces :
Human immunodeficiency virus 1
[HIV-1], virus de l'immunodeficience humaine 1
Human immunodeficiency virus 2 [HIV-2], virus de l'immunodeficience humaine 2
Simian immunodeficiency virus [SIV]
African green monkey [SIV-agm]
Chimpanzee SIV [SIV-cpz]
Mandrill SIV [SIV-mnd]
Red capped mangabey SIV [SIV-rcm]
Sooty mangabey SIV [SIV-sm]
Rhesus (Maccaca mulatta) [SIV-mac], (virus infectant les singes macaques en captivité ; représente une transmission inter-espèces avec SIV-sm chez les singes en captivité).

Bovine immunodeficiency virus [BIV]
Equine infectious anemia virus [EIAV]
Feline immunodeficiency virus
Caprine arthritis encephalitis virus [CAEV]
Visna/maedi virus [VISNA]
. Genre : Spumavirus
Espèces : Chimpanzee foamy virus
[CFV], souche humaine [CFV/Hu] (anciennement dénommée Human foamy virus, HFV).

Famille : Hepadnaviridae
. Genre : Orthohepadnavirus
Espèces : Hepatitis B virus
[HBV], virus de l'hépatite B

Woodchuck hepatitis virus [WHV], virus de l’hépatite de la marmotte.
Ground squirrel hepatitis virus [GSHV], virus de l’hépatite de l’écureuil.
. Genre : Avihepadnavirus
Espèces : Duck hepatitis B virus
[DHBV], virus de l’hépatite B du canard de Pékin.
Heron hepatitis B virus [HHBV], virus de l’hépatite B du héron.

PRIONS

Agents des encéphalopathies spongiformes
Chez l’homme :
Creutzfeldt-Jakob disease prion [CJD prion], variant de la maladie de CJ (vMCJ),
Kuru prion [Kuru prion], agent du Kuru,
Gerstmann-Sträussler Sheinker prion [GSS prion], agent du syndrome de GSS
Fatal familial insomnia prion [FFI prion], agent de l’insomnie fatale familiale (IFF).
Chez l’animal :
Scrapie prion , agent de la scrapie du mouton,
Transmissible mink encephalopathie prion [TME prion], encéphalopathie transmissible du vison,
Bovine spongiform encephalopathy prion [BSE prion], encéphalite spongiforme bovine,
Chronic wasting disease prion [CWD prion],
Feline spongiform encephalopathy [FSE prion], encéphalite spongiforme féline,
Exotic ungulate encephalopathy prion [EUE prion].

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